Este edificio, que en su origen fue renombrado colegio de la Compañía de Jesús, pasó a convertirse en el Real Seminario de Bergara en el último cuarto del siglo XVIII.
A finales del siglo XVIII, el Seminario fue uno de los centros de estudio y polos de investigación científica más afamados de Europa.
En 1783, en sus instalaciones, los hermanos Elhuyar lograron aislar un nuevo elemento químico, el wolframio. Durante el siglo XIX, albergó el equipamiento científico más importante del País Vasco (laboratorios, gabinetes, jardín botánico, observatorio meteorológico...).
En 1867, uno de los últimos grandes arquitectos neoclásicos, M.J. Laskurain, edificó la fachada actual, en sustitución de la barroca original.
En su interior alberga una iglesia del siglo XVII, junto a la cual se sitúa, en un lateral, el espacio residencial de la misma época. Actualmente, este templo se ha convertido en la sala Seminarixoa, habilitada para actividades escénicas con la más moderna tecnología.