Jatorrian Jesuiten ikastetxe ospetsua izandako eraikin hau Bergarako Errege Seminarioa izatera pasa zen XVIII. mendearen azken laurdenean.
Seminarioa zientzia-arloko Europako ikastetxerik eta ikerketa-zentrorik garrantzitsuenetakoa izan zen XVIII. mendearen bukaera aldean.
1783an, bertako laborategietan elementu kimiko berri bat, wolframa, isolatu zuten Elhuyar anaiek. XIX. mendean zehar, mintegiko zientzia-ekipamendua (laborategiak, kabineteak, lorategi botanikoa, meteorologia-behatokia…) Euskal Herriko garrantzitsuenetakoa izan zen.
Egungo fatxada 1867koa da, eta M.J. Laskurainek, azken arkitekto neoklasiko handietako batek, egin zuen. Lehengo fatxada barrokoa zen.
Eraikinaren barruan XVII. mendeko tenplua dago, eta, hegal batean, mende bereko bizitegi-eremua. Gaur egun tenplo hori ikuskizunetarako puntako teknologiarekin prestatutako Seminarixoa aretoa da.