Ce bâtiment, rebaptisé à l'origine école de la Compagnie de Jésus, est devenu le Séminaire Royal de Bergara dans le dernier quart du XVIIIe siècle.
A la fin du XVIIIe siècle, le Séminaire était l'un des centres d'études et des pôles de recherche scientifique les plus célèbres en Europe.
En 1783, dans ses installations, les frères Elhuyar parviennent à isoler un nouvel élément chimique, le tungstène. Au cours du XIXe siècle, il abritait les équipements scientifiques les plus importants du Pays basque (laboratoires, armoires, jardin botanique, observatoire météorologique...).
En 1867, l'un des derniers grands architectes néoclassiques, M.J. Laskurain, a construit la façade actuelle, en remplacement de l'original baroque.
À l'intérieur se trouve une église du XVIIe siècle, à côté de laquelle se trouve sur un côté, l'espace résidentiel de la même époque. Aujourd'hui, cette église est devenue la salle Seminarixoa, équipée pour les activités scéniques avec la technologie la plus moderne.