Ce temple a été construit en deux phases chronologiques distinctes : la première entre 1542 et 1607 ; et la seconde entre 1648 et 1672.
Malgré le long temps de construction, Santa Marina a une grande unité de style.
Son plan carré d’origine, formé de trois nefs de même hauteur séparées par quatre énormes piliers de fût lisse et de chapiteau classique et recouvertes de voûtes d'ogives artistiques, est un exemple paradigmatique des églises dites de salon Renaissance (ou hallenkirche).
L’église a été élargie à la fin du XVIIIe siècle avec la construction du chœur actuel, magnifique œuvre d'architecture néoclassique du grand architecte Alejo de Miranda. A l'intérieur, les voûtes conservent une partie de la décoration picturale originale (1582).
À noter également l'ensemble -certainement remarquable- des retables baroques en tête. Elles sont ornées de sculptures de l'artiste virtuose Luis Salvador Carmona. Le retable central (1739-1743) est une merveilleuse œuvre d'architecture.
Avec ce retable, son auteur, Miguel de Irazusta, a introduit le style rococo dans le patrimoine de retables de Gipuzkoa.