Eliza bi fasetan eraiki zuten, oso ondo bereizitako bi fase kronologikotan: lehenengoa, 1508 eta 1607 bitartean; eta bigarrena, 1648 eta 1672 bitartean.
Eraikitze-aldi luzea izan bazuen ere, Santa Marinak estilo aldetik batasun handia agertzen du.
Jatorrizko oinplano karratuak altuera bereko hiru nabe ditu. Nabeak bereizteko, fuste leuneko eta kapitel klasikodun lau zutabe ikaragarri daude. Estaldura, berriz, gurutze-ganga ederrek osatzen dute. Eta horrela, Errenazimenduko areto-eliza (edo hallenkirche) izenez ezagutzen direnen artean, eredu paradigmatikoa dugu Santa Marina.
Tenplua XVIII. mendearen bukaeran handitu egin zuten. Orduan eraiki zen gaur eguneko korua, arkitektura neoklasikoaren lan bikaina, Alejo Miranda arkitektoak egina. Barrualdean, gangetan oraindik ikus daitezke jatorrizko pintura-apainketaren zati batzuk (1582).
Nabarmentzekoa da, halaber, aurrealdeko erretaula barrokoen multzoa, benetan bikaina. Erretaulak apaintzen dituzten eskulturak Luis Salvador Carmona artista birtuosoak eginak dira. Erretaula nagusia (1739-1743) arkitektura-lan ikaragarria da.
Migel Irazusta egileak erretaula honen bidez rococo estiloa sartu zuen Gipuzkoako erretaulagintzan.